ઇ.સ.1540માં૧૫૪૦માં કનોજના યુદ્ધ માંયુદ્ધમાં શેરશાહ સુરી સામે હુમાયુનો[[હુમાયુ]]<nowiki/>નો પરાજય થયો અને આ સાથે જ હુમાયુના 15૧૫ વર્ષ સુધીના રખડપટ્ટી અને કઠણાઈભર્યા જીવનની શરુઆત થઇ. આ દરમ્યાન 1541માં૧૫૪૧માં સિંધના અમરકોટ ગામ પાસે તે તેની બેગમ હમીદાબાનુ ને મળ્યો અને ઇ.સ.1541માં૧૫૪૧માં તેણે હમીદાબાનુ સાથે લગ્ન કર્યા.
ત્યારબાદ 1541માં૧૫૪૧માં તેમને ત્યાં એક પુત્રનો જન્મ થયો જેનું નામ બદરૂદીન રાખવામાં આવ્યું પરંતુ હુમાયુએ પુત્રનું નામ બદલીને જલાલુદીન મોહમ્મદ રાખ્યું ત્યારબાદ હુમાયુ પર હુમલો થતાં જીવ બચાવવા તે પોતાની બેગમ સાથે [[ઈરાન]] ભાગી ગયાગયો અને જલાલુદ્દીન નેજલાલુદ્દીનને પોતાના કાકાઓના ના સંરક્ષણ માંસંરક્ષણમાં રહેવું પડયું. પહેલા થોડાં દિવસો તે કાબુલમાં[[કંદહાર]]<nowiki/>માં અને ત્યાર પછી [[કાબુલ]]<nowiki/>માં રહ્યો અને 1545થી૧૫૪૫થી કાબુલમાં હુમાયુને પોતાના ભાઈઓ સાથે સંબંધો બહુ સારા ના હોવાથી જલાલુદ્દીન નીજલાલુદ્દીનની સ્થિતી કેદી કરતાં થોડીક જ સારી હતી તેમ છતાં સૌ તેની સાથે સારો વ્યવહાર કરતા અને તેને કંઈક વધુ પ્રમાણમાં લાડ પણ લડાવતા.<ref name="ramanlal" />
